备战阶段:在玩之前,根据合理的战术(当然这就要大家去摸索了,我们会将玩家的一些心得放上来作为参考)将30张卡片组合成一副卡组.在玩的时候,就使用这副卡,中途不得更换别的卡.在组合时有些规定:如在特殊能力里没有特别说明,相同名字(注意不是卡号)的卡最多放3张;究极体的数码兽卡最多放5张;至少有一张是等级Ⅲ(即成长期,在卡片游戏中称为等级Ⅲ).
开始阶段:双方各选取一张等级Ⅲ背面朝上放在数码兽方格上.然后将剩余29张卡洗牌,将最上方那张背面朝上(自己也不许看)放在记分格上,露出100分.再将剩余的卡抽出6张作为手札,剩下的22张卡放在网际的海上.再用自定方式决定哪方先攻,哪方后攻.
准备阶段:此阶段包括四个步骤,依次进行,由先攻方先进行,做完一个步骤就示意进行下一个步骤.
1,换卡:将手札与战术卡方格内不需要的卡片丢到黑暗地带,再从网际的海中抽卡,使手札保持6张卡.
2,交换等级Ⅲ:如果此时手札内有等级Ⅲ的卡片,可以用手中的等级Ⅲ换掉数码兽方格内的等级Ⅲ(如不是等级Ⅲ则不能换掉),被换掉的等级Ⅲ卡片丢到黑暗地带.
3,选择进化:将自己希望进化的数码兽卡背面朝上放在进化数码兽方格内,同时将进化条件放在进化条件方格.如果可以进行连续进化则可以继续这个步骤.
4,插入战术卡:将手札里可以在战术方格中发动的战术卡放入空的战术方格.
进化阶段
进化阶段[进化フェイズ]:先攻方开始进化(如是尚未翻开的等级Ⅲ卡片,则先翻开其再进行进化阶段),一旦进化原来的数码兽卡就要被送到黑暗地带(等级Ⅲ除外).进化完毕后后攻方(同样如果是尚未翻开的等级Ⅲ卡片则先翻开)决定是否进化.有时在准备进化的时候发现进化条件不满足(如条件要求舍弃手札内一定数量的卡,但手札内已无足够数量的卡)或是放弃进化,进化条件方格后进化数码兽方格内的卡片都要被放到黑暗地带.在己方的进化完成后,战术卡方格内的如场地卡和部分其他战术卡中发动时间为进化阶段而又没其他特殊要求的,必须在这时发动,否则在战斗阶段无法使用.
战斗阶段
奥米加兽
战斗阶段[バトルフェイズ]:查看对方数码兽方格内的卡左上方的字母,则自己的数码兽就用左下方标示的该招式攻击.每个招式都有相应的攻击力甚至有影响(如绝大多数数码兽卡的"C"攻击可以将对方的"A"攻击变为0).在比较完攻击力后,先攻方先确定己方的数码兽卡有没有即时的特殊能力(如"将对方的特殊能力变成无")发动,然后再到后攻方发动.之后,后攻方先使用战术卡(翻开),特殊能力(告诉对方)和援助能力(将卡片放到救援方格),确定不再使用时就停止;然后到先攻方使用;周而复始,直到双方都不再使用战术时,比较攻击力. 计算分数阶段(ポイント计算フェイズ):比较攻击力后,攻击力小的一方根据那张卡片左下方写的失分栏进行分数调整(查看对方的等级,再查看自己的卡对应那个等级所扣的分数.比如说图一的卡如果输给等级Ⅲ就要扣30点,如果输给完全体就要扣10点).然后双方查看是否有特殊能力可以发动,最后将数码兽方格内的卡片丢到黑暗地带(等级Ⅲ除外),最后双方将失效了的卡片丢到黑暗地带.如果双方攻击力相等则是打平,双方分数各扣10点。
补充
然后又从准备阶段开始,胜利方作为先攻方,如果打平则先攻后攻方不变.不断循环,直到一方的分数为0时,游戏结束.分数为0的一方为负方.
注意:当计算分数阶段的最后网际的海上已没有卡片(这时称为己方数码兽“寿命结束”),则将己方数码兽方格上的数码兽及使用期限为自己的数码兽“寿命结束”的战术卡丢到黑暗地带(等级Ⅲ除外),剩下一张等级Ⅲ,然后将黑暗地带上的卡片进行洗牌,放回网际的海,再开始准备阶段。